本发明属于船舶与海洋工程技术领域，公开了一种基于船舶运动频谱的安稳期概率统计方法及系统。该方法通过船舶运动时历获取频谱信息，通过随机过程的统计学分析，利用概率论的联合分布以及马尔科夫链理论建立船舶运动安稳期概率模型，利用历史数据完成航行作业的提前规划以及实际作业中安稳期概率的计算。本发明能够提前在船舶进入某海域作业前给出满足作业要求的安稳期发生概率，同时能在作业前的一段时间内给出安稳期出现的概率，为海上船舶的航行作业计划提供辅助决策。