本发明公开一种基于数值模拟和深度学习技术的区域水位高精度重构方法，包括以下步骤：S1.构建目标区域数值模型，得到目标区域网格点水位模拟结果；S2.利用ETS集合变换敏感性方法对目标区域的水位模拟结果进行敏感性分析，并选取敏感点；S3.基于水位模拟结果利用神经网络建立观测点与敏感点之间的映射关系；S4.利用步骤S3中的映射关系由观测点实测数据映射到敏感点，得到敏感点的水位数据；S5.将敏感点的水位数据、观测点实测数据与目标区域网格点水位模拟结果融合，重构目标区域网格化水位。