本申请公开了一种质谱成像数据显示方法、装置、设备及存储介质，涉及数据处理技术领域，包括：根据预设分组区域和质谱信号峰数据中扫描检测点的空间位置信息统计信号峰在相应分组中的峰强度差异，以筛选峰强度存在差异的信号峰得到相应的标志物列表向量；读取每个标志物对应的组织样本的平面二维坐标上所有扫描检测点的目标峰强度，并对平面二维坐标降维得到坐标向量，且得到目标峰强度对应的一维向量，以根据全部一维向量组成标志物平面降维矩阵；基于预设成像方式对标志物平面降维矩阵处理，以对质谱信号峰数据进行成像显示。这样一来，本申请可以对标志物分子对应的强度二维平面分布进行一维展开，以进行成像显示，提高了效率。