本发明公开了一种用于生物肥料加工的杀菌装置，涉及生物肥料加工技术领域，包括输送架、杀菌机构和干燥机构，所述杀菌机构设置在输送架上，所述干燥机构设置在输送架上，所述输送架上设置有输送带，所述杀菌机构包括机架和蒸汽发生器，所述蒸汽发生器固定安装在机架的上表面，所述机架的上表面固定安装有药箱。本发明通过将肥料铺在输送带上并启动第一伺服电机带动第一翻料辊进行转动，其喷淋板将药箱中的杀菌剂喷洒到肥料上进行杀菌，同时通过第一翻料辊对肥料进行翻动，避免肥料堆积在一起的现象，同时也可对肥料进行松动，然后通过蒸汽发生器和喷板对肥料进行高温消毒，提高了对肥料的杀菌效率和杀菌效果。