本发明涉及因果诊断技术领域，具体是一种基于不对称信息流的数据间因果结构发现方法。本发明结合骨架生成与因果定向进行因果结构生成，考虑时间变化下，数据之间的因果方向的确定问题。利用FCI算法对数据进行预处理，预处理结果表现出马尔科夫等价类，然后借用信息流的概念，通过对动力学系统进行建模，采用非对称信息机制，定量刻画信息在因果变量之间的传递，对建立的数学模型中直接因果对进行因果定向，最后生成唯一确定因果结构图，进而有效地提高因果图生成的准确性。