本发明涉及数据处理技术领域，具体涉及一种用于生态修复的生态环境数据处理方法及系统，包括：获取所有批次有机吸附剂的湖水初始pH值、初始水位值和所有湖水样本的初始湖水污染物含量以及每个采集时间的湖水pH值、水位值和所有湖水样本的湖水污染物含量，计算每批有机吸附剂对湖水污染物的吸附治理效果，进一步得到相邻批次有机吸附剂的治理效果的相似性，由此筛选出异常批次，进而筛选出每个异常批次的相似批次，从而在所有异常批次中筛选出实际异常批次。本发明通过获取湖泊治理过程中有机吸附剂对湖泊的治理效果，并根据相邻批次投放的有机吸附剂对湖泊治理效果之间的差异性变化情况分析，筛选出实际异常批次，实现对生态修复的准确性。