本发明公开了一种干旱及半干旱地区黑臭水体全面排查方法及系统，属于图像处理技术领域，包括：获取排查地区的第一图像集，分类并定位所有目标区域，在第一图像集中抽取所有包含目标区域的第二图像集；将第二图像集中拍摄角度相邻的第二图像依次拼接组合以生成多个完整图像，获取完整图像中所有目标区域并设定为水域，获取水域的位置范围；将水质图像序列输入图像预测模型以生成水域在预测时间时的水质预测图；获取水域中包含黑臭水体特征的水质变化速率和位置信息，推荐人工排查计划。通过本发明可以较准确且全面的定位排查地区中存在黑臭水体的位置信息，从而避免出现黑臭水体遗漏排查和定位不精确的现象。