本发明公开一种连续流动制备异核双金属单原子催化剂的方法，该方法利用的注射泵装置中的1号注射器、2号注射器、3号注射器和4号注射器，将羧甲基壳聚糖溶于去离子水中，装入1号注射器作为股流1；将海藻酸钠溶于去离子水中，装入2号注射器作为股流2；将氯化铜溶于去离子水中，装入3号注射器作为股流3；将氯化铁溶于去离子水中，装入4号注射器作为股流4；在注射泵驱动下将四股流同时注入微反应器内，发生瞬间碰撞络合形成水凝胶；再将水凝胶进行洗涤、冷冻和冷冻干燥处理得到气凝胶；再将气凝胶进行热解、洗涤和干燥处理，获得异核双金属单原子催化剂。本发明采用微反应器可以实现异核双金属单原子催化剂的连续快速可控制备，同时具有制备时间短、环保无毒、易于规模化和连续化生产等特点，在环境治理、工业催化等领域具有广阔的发展前景。