一种芯片深度重建自校准方法、系统、设备及存储介质，其方法包括：步骤S1：获得结构光图像，利用芯片在第一容忍度内进行深度重建；如果所述深度重建质量符合自校准标准，执行步骤S2；所述结构光图像为编码图像；步骤S2：利用CPU对所述结构光图像与参考图像在第二容忍度内进行匹配，建立所述结构光图像与所述参考图像的匹配关系；步骤S3：根据所述匹配关系计算所述结构光图像与所述参考图像之间的旋转矩阵；步骤S4：对所述参考图像进行旋转变换，以满足所述结构光图像的对极约束，得到新的参考图像，执行步骤S1。本发明解决由于结构形变引起的深度芯片不能重建的问题。