本发明公开了一种菌酶协同发酵组合物及其制备方法与应用，涉及粪便发酵肥料技术领域。本发明提供了一种菌酶协同发酵组合物，包括以下重量份的组分：复合菌2‑20份、复合酶0.5‑15份、有机体300‑800份、吸附剂30‑60份；所述复合菌为戊糖乳杆菌、丁酸梭菌、新丽鞭毛菌、粗壮脉纹胞菌的混合物；所述复合酶为漆酶、无花果蛋白酶、磷酸酶的混合物；所述有机体包括第一有机体和第二有机体，所述第一有机体为动物粪便，所述第二有机体为木屑、稻草中的至少一种，其中，第一有机体和第二有机体的重量比＝(2‑4)：(1‑3)。发明人发现，复合酶和复合菌协同作用于有机体时，可以在较低的发酵温度下很好的发酵，同时有效保持鸡粪中营养物质。