本发明公开了一种孔径可控的酶膜反应器及其生产淀粉糖的应用，包括，多氨基化合物改性膜、固定化酶，所述固定化酶为α淀粉酶，所述α淀粉酶通过交联剂固定在多氨基化合物改性膜上。本发明解决了游离酶膜反应器无法及时对产物进行选择性分离、酶和底物利用率低以及酶回收困难等问题，采用化学交联法将酶固定在多氨基化合物膜上，构建了固定酶膜反应器，固定率最高够达到89％。这一创新实现了酶解反应与产物分离的同步进行。通过在四种不同孔径的选择性分离膜上固定酶，通过测试对PEG的截留，确定了酶固定后的膜孔径的减小，进一步控制了生产的淀粉糖分子量，并使其分子量分布范围变窄。最终成功实现了对目标产物的选择性调控。