本发明涉及水质检测领域，公开了一种检测水中锰离子浓度的组合物和微流控芯片及其应用。该组合物包括第一冻干球和第二冻干球；第一冻干球的制备包括：将磷酸二氢钠、柠檬酸钠、无水硫酸钠和水混合，得到混合液a；通过液态氮自动点液系统将混合液a滴入液氮中固化形成小球，然后将小球进行冷冻干燥；第二冻干球的制备包括：将高碘酸钾、硫酸钾、甘露醇和水混合，得到混合液b；通过液态氮自动点液系统将混合液b滴入液氮中固化形成小球，然后将小球进行冷冻干燥。本发明通过液态氮自动点液系统制备成尺寸均匀的冻干球，能够有效提高试剂的溶解速度，提高试剂与锰离子的反应速度，缩短反应时间，提高检测的重复性和均一性。