本发明公开了一种基于FPGA的PCIE DMA数据传输方法及系统，涉及PCIE DMA数据传输技术领域，包括初始化配置主机侧的PCIE板卡驱动程序和PCIE板卡侧的FPGA程序；主机侧将数据传输至FPGA，主机侧板卡驱动程序检查DMA写控制缓存区的状态，将数据写入DMA写数据缓存区，向FPGA发送DMA控制命令，FPGA收到命令从指定的DMA写数据缓存区读取数据；FPGA侧将数据传输至主机，FPGA检测DMA读缓存区状态存储FIFO状态，向主机发起数据写请求，主机侧板卡驱动程序通过监测DMA读控制缓存区的状态进行数据读取。本发明所述方法在效率、等待时间以及可靠性方面都取得更加良好的效果。