本发明涉及电子商务技术领域，涉及一种基于指纹特征的电子印章生成方法、装置、系统及介质。其能够基于密钥移动存储装置，对签约人的身份进行认证；基于电子签章系统，提取签约信息；通过指纹提取单元提取签约人的当前操作下的指纹特征并获取指纹特征编码；对签约信息和指纹特征编码进行编码，获取电子印章明文；采用密钥对电子印章明文进行加密，获取电子印章密文；基于二维码生成单元对电子印章密文进行处理，生成二维码形式的电子印章；将电子印章写入至待签合约原文中获取已签合约原文，并将电子印章明文、签约信息及已签合约原文关联存储于电子签章系统的数据库中。能够解决现有技术中电子印章存在较高非法盗取、挪用风险的问题。