本申请公开了一种分布式谐波治理闭环控制方法、装置及系统，本申请提供的技术方案通过中控设备对各量测终端数据的绝对时间戳进行相角同步，实现电网同步谐波快照，并以此进行优化计算以获取各个谐波补偿终端的补偿指令；然后中控设备将此快照基准时间戳和补偿指令一起发给谐波补偿终端，来根据各自输出时间戳来最终修正谐波补偿输出的相角。本申请实现了各个谐波补偿终端输出的各次谐波补偿的相位角与电网实际量测的各次谐波之间的同步，从而在多终端间形成了嵌入式实时控制级别的同步性，打破配电网集中调控分布式谐波补偿的工程化应用瓶颈，改善分布式谐波治理的效果。