本发明公开了一种不完备边界条件下脉动血流量计算方法，包括：基于心外膜冠状动脉的多分支血管三维模型，设计入口边界条件进行动态CFD血流仿真得到入口与目标出口的压差和目标出口的流速；根据得到的压差和流速信息，拟合压力‑流量‑时间曲线模型参数；根据已知的不完备边界条件(一组近、远端测量的脉动压力)，基于压力‑流量‑时间曲线模型，计算脉动血流量。本发明意义在于提出了一种考虑血流惯性作用的压力‑流量‑时间曲线模型，提高了冠状动脉内脉动血流量计算的准确性。