本发明涉及船舶清洗技术领域，公开了一种船舶水下智能清洗装置及其清洗方法。所述船舶水下智能清洗装置包括：两栖船体、船身清洗机构、船底清洗机构和两个伸展机构，所述两栖船体的一端设有收缩区，两个所述伸展机构对称设置在收缩区的两侧，所述船身清洗机构与船底清洗机构分别与两个伸展机构对应连接。本发明设置的船舶清洗装置，通过在两栖船体上设置两个伸展机构、船身清洗机构和船底清洗机构，组成了可在水面和地面上灵活使用的自动清洗装置，其改变了传统的人工手持半自动清洗装置的清洗方式，清洗时，通过控制两栖船体、船身清洗机构和船底清洗机构来进行清洗作业，不仅节省了人力，且清洗效率更高。