本发明提供一种脱硫废水的处理方法和处理系统，采用本发明的处理方法，可以在大幅减少药剂投入的前提下，实现废水中的硫酸镁和硫酸钙的回收。所述脱硫废水的处理方法包括如下步骤：1)将脱硫废水在三联箱单元中进行处理，以去除所述脱硫废水中的悬浮物、硅和重金属离子；2)将三联箱出水经过滤后送入纳滤单元中进行纳滤处理，以得到纳滤产水和纳滤浓水；3)将纳滤产水送入膜浓缩单元中进行膜浓缩；将纳滤浓水送入结晶分离单元中，向结晶分离单元中添加来自多效蒸发单元中得到的硫酸镁；4)将结晶分离单元出水经过滤后送入所述多效蒸发单元中处理；5)将蒸发母液和膜浓缩浓水送入MVR蒸发单元中处理以得到氯化钠、氯化镁和回用水。