本公开涉及一种脱硫废水软化的方法及系统，该方法包括：将脱硫废水进行预处理，得到预处理废水；使所述预处理废水与氢氧化钠溶液接触进行除镁处理后，经过滤装置过滤得到除镁废水和含氢氧化镁沉淀；使所述除镁废水进行纳滤分离，得到纳滤浓水和纳滤产水；使所述纳滤浓水进行常温结晶处理，得到除钙废水和硫酸钙沉淀；使所述除钙废水进行低温结晶处理，得到软化废水和硫酸钠沉淀。采用本公开的方法，能够减少系统的加药种类和加药量、减少脱硫废水零排放过程中固废的生成、实现废水中的盐资源的充分利用以及降低装置的能耗。