本发明公开了基于深度学习的甲状腺结节良恶性诊断方法及系统，所述方法包括：获取甲状腺患者的甲状腺超声图像，以及对应的结节位置标签；对甲状腺超声图像进行预处理，得到预处理后的图像；对预处理后的图像集合，划分为训练集、验证集和测试集；基于训练集对甲状腺结节诊断模型进行训练，基于验证集对训练后的甲状腺结节诊断模型进行验证，基于测试集对训练后的甲状腺结节诊断模型进行测试，将验证通过且测试通过的模型，作为最终训练后的甲状腺结节诊断模型；获取待诊断甲状腺超声图像，将待诊断甲状腺超声图像输入到最终训练后的甲状腺结节诊断模型中，输出甲状腺结节良性或恶性的诊断结果。