本发明公开了一种鸭粪、秸秆复合微生物肥轮换提高蔬菜肥效的方法，包括以下步骤：S1、第一茬施肥，撒施鸭粪生物有机肥作为底肥，并且深翻深松改土，完成改土作业后，撒施鸭粪复合微生物肥作为基肥，浅耕均匀混土；S2、第二茬，不撒施底肥，撒施秸秆复合微生物肥作为基肥，浅耕均匀混土；S3、第三茬，不撒施底肥，撒施鸭粪复合微生物肥作为基肥，浅耕均匀混土；S4、往后每次种植重复S2、S3轮换。本发明能够有效解决产品农残、重金属超标严重的问题，能够持续提升蔬菜产量和质量，同时还有减肥、提质、增产、增效的效果，保持重茬高效生产。