本发明提供了与烟草主流烟气中烟碱释放量基因qCIC紧密连锁的共显性SSR标记及应用方法。所述的与烟草主流烟气中烟碱释放量基因qCIC紧密连锁的共显性SSR标记的编号为PT55416和TMy85136，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。所述的应用为所述的与烟碱释放量基因qCIC紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在烟碱释放量基因qCIC中的应用。与现有技术方法相比，本发明所述的共显性SSR标记具有精准、高效、稳定、便捷、低成本且无检测时机限制的特点，因此该分子标记可以作为低危害烟草育种中烟碱释放量基因qCIC分子标记辅助选择的应用。