本发明涉及细胞学技术领域，具体涉及一种区分白芥Sal和白菜型油菜染色体组的特异性寡核苷酸探针及应用，该寡核苷酸探针为TexasR Red‑X荧光标记的特异性覆盖白芥12条染色体的寡核苷酸序列。本发明利用白芥Sal参考基因组序列信息，通过分析串联重复序列设计区分白芥Sal和白菜型油菜染色体组的特异性寡核苷酸探针，建立特异涂染异源二倍体(AS)中白芥Sal染色体组的技术，该技术能够批量特异涂染异源二倍体(AS)中白芥Sa l染色体组材料。