本发明提出了一种基于表面增强拉曼光谱的水体污染物检测方法及系统，涉及水污染检测技术领域。针对现有技术中对水体污染物检测时未能有效区分可溶性与不可溶性水体污染物，且采用非特异性的SERS基底和统一的处理手段，导致污染物检测的准确度和效率不足的问题，提出了一种水体污染物检测方法，通过预设孔径过滤，结合浊度、pH和溶解氧的多参数初检，智能区分可溶与不可溶污染物。针对性地采用化学处理和表面处理，配合特制的SERS基底，实现了对不同类型污染物的高灵敏度和高选择性检测，有效提升了检测结果的准确率。