本发明公开了一种考虑岩石空间变异性的离散元建模方法，包括：S1、建立均质化岩石三轴模型；S2、将均质化岩石三轴模型中的接触信息导出为csv表格文件；S3、将csv表格文件导入至Matlab软件中对其中的接触信息进行重新赋值，并导出为tab文件；S4、将tab文件中重新赋值的接触信息替换到建立的均质化岩石三轴模型中，得到岩石空间变异性模型本发明方法可以通过概率统计理论对区域内的接触参数进行重新赋值，进而达到岩石异质性建模的目的，实现对岩石强度参数的准确估计，与理想均质化的岩石离散元建模相比，考虑空间变异性的建模方式更加符合自然条件下岩石的形成过程及性质。