本发明公开了畜牧尿液除臭菌剂的制备方法及其应用，涉及除臭菌液的技术领域，包括腐殖酸30～50％、光合菌8～12％、芽孢杆菌5～10％、反硝化细菌10～25％、乳酸菌10％，其保藏编号为CGMCC No.5959，和保藏编号为CCTCC NO:M2018660的巨大芽孢杆菌Z3 10％(Bacillus megaterium Z3)或/和其培养物或/和其加工物。本发明所述生物除臭剂可有效降低畜牧粪尿中硫化氢气体的含量，达到去除臭味的目的，生物酶是由活细胞产生的具有催化作用的物质，生物酶的主要来源是从植物里面提取的复合酶物质，通过雾化技术处理，喷射在室内的空气中，酶分子可以有效吸附和捕捉环境和空气中的臭气分子充分接触，直接改变臭气气体的原子结构。