本发明公开了一种可转移表面图案化的透明超疏水薄膜及其制备方法和应用，涉及表面功能化薄膜制备的技术领域。一种可转移表面图案化的透明超疏水薄膜的制备方法，包括以下步骤：(1)在掩膜版上刻蚀所需图案化结构，然后将掩膜版与基底置于等离子腔体中进行活化处理；(2)经活化处理后，将掩模版和基底贴合，然后同时置于化学气相沉积腔体，再通入疏水单体，即制备得到透明超疏水薄膜。本发明通过在可转移透明基底表面，结合掩膜版采用气相法制备透明图案化超疏水薄膜，该薄膜具有良好的透光率和优异的超疏水性能，并可再以粘贴等方式转移至所需设备表面，在不影响设备表面光学性能的同时赋予其优异的超疏水性能。