本发明为自动堆垛系统及其控制方法，涉及堆垛设备技术领域。包括：可移动升降架；输送辊道，其设置在可移动升降架一侧用以输送待堆垛的包装箱，输送辊道通过可移动升降架驱动升降并随输送辊道移动；翻转托架结构，其设置在输送辊道上的输送方向末端位置用以将输送到末端位置的包装箱向输送方向的一侧翻转90°并翻转出输送辊道之外进行包装箱码垛；以及翻转驱动机构。本自动堆垛系统以及控制本自动堆垛系统实现的堆垛方式中，由翻转托架结构支撑包装箱在翻转的过程中实现堆垛操作，代替传统通过夹爪夹持式运输货物进行堆垛的方式，避免出现通过夹爪夹持式运输货物时因为加持力度过大导致的对包装箱和向内物品造成损伤的情况。