本发明公开了一种适用于交流微电网下的水电解制氢多槽接入系统，包括交流微电网运行场景、多槽制氢系统与中央控制系统；交流微电网运行场景经多级变压后降为交流10kV作为主干线，经变压器降压后交流转直流，然后通过中央控制系统输入至制多槽制氢系统的电能输入端口，分别输入至制氢电解槽，制氢电解槽产出的氢气与氧气分别经过氢气分离器与氧气分离器收集，氧气直接排放，氢气经过氢气纯化器后，储存至氢气储罐中。本发明还包括一种高效运行方法，在不同功率输入下以制氢系统效率最优为目标的单个电解槽功率分配策略；一种单个电解槽的温度控制系统，保证不同功率下的电解槽功率稳定。本发明能实现制氢多槽系统稳定高效的接入电网。