本发明公开了一种双馈风机暂态谐波发生机理分析方法及系统，方法包括：S1、获取双馈风机定子和转子侧的电压和电流瞬时值；S2、发生金属性故障时，分析锁相环静差带来的频率偏移产生的暂态谐波分量；发生非金属故障时，基于同步发电机模型，建立故障时双馈风机定子电压、电流模型；S3、针对非金属性故障，当Crowbar电路不动作时，执行S4，当Crowbar电路动作时，执行S5；S4、根据双馈风机定子侧电压、电流模型分析双馈风机的定子转子电压电流谐波特性；S5、分析转子侧电流的暂态谐波特征，分析定子侧的暂态谐波分量，得到双馈风机的暂态谐波特性。本发明分析了双馈风机间谐波发生机理；充分考虑金属性故障和Crowbar电路动作与否等因素对暂态谐波的影响。