本发明涉及一种CBTC系统对防淹门防护优化方法、设备及介质，该方法在区域控制器ZC计算车载移动授权的条件中增加防淹门位置；当列车车尾没有驶离未打开状态的防淹门，紧急停车区域将对此列车有效，列车回收当前移动授权并立即停车；当列车车尾已经驶离未打开状态的防淹门，紧急停车区域将不再对此列车有效，列车维持既有的移动授权不变。与现有技术相比，本发明具有细化了针对相对防淹门不同位置的列车防护策略，提升了行车的效率，减小了故障的影响范围等优点。