本发明公开一种鉴定白榆与脱皮榆种质的分子标记及其应用，所述分子标记为下列引物对为Ulmus_p20、Ulmus_p61或/和Ulmus_p165，采集待测白榆或脱皮榆新鲜组织样本，提取组织样本DNA；以该DNA为模板，使用所述分子标记进行PCR扩增；电泳检测扩增产物；根据检测结果判定待检样本为白榆或脱皮榆。本发明利用转录组测序的SSR分子标记鉴定白榆与脱皮榆种质资源，有利于促进白榆与脱皮榆良种选育，加快优良种质的利用进程。本发明特异性引物分别对脱皮榆和白榆组织进行扩增，两者产物长度差异显著，表明这些特异性引物能够有效鉴定白榆与脱皮榆种质。