本发明公开一种利用微生物辅助降解的吹填土固结系统及方法，系统包括真空装置、气水分离器、储料箱、滤管、若干竖向排水体和若干水平排水体，滤管的一端与真空装置连通连接，滤管还分别与气水分离器、储料箱连通连接，储料箱用于存储微生物降解剂，储料箱输出端与滤管之间的连通管路上还安装有开关，当所述吹填土固结系统应用于吹填土并处于工作状态下：所述滤管铺设在吹填土表面，所述竖向排水体、水平排水体均与滤管连通连接，各个竖向排水体沿着滤管的轴向间隔分布设置，且均垂直于滤管；各个水平排水体水平地埋入吹填土内，且沿着吹填土的不同深度平行间隔分布设置。本发明提高了固结效果，有效避免工后沉降问题。