本发明涉及水质监测技术领域，尤其是一种用于环境保护的水质监测装置及其控制方法，包括带有安装架的监测船，所述安装架的顶部固定连接有安装板，所述安装板的顶部固定连接有第一取样管，还包括：负压取样部，设置在所述安装板的顶部，所述负压取样部用于借助所述第一取样管对水体实现负压取样；固定块，固定连接在所述安装板的底部，所述固定块内开设有依次连通的取样腔、安装腔和开口，并且所述第一取样管与所述取样腔内部连通，所述开口的内壁上固定安装有阻隔网；控制器接收到监测单元监测到的水流速度低于设定值时，以控制切换机构带动取样盘转动，并联动杂草清理机构对阻隔网表面堆积的杂草进行清理。