本发明公开了一种HEMP辐照环境下的变压器模型设计方法及系统，涉及变压器技术领域，包括基于各元器件数据及电路拓扑图，构建电阻模型、电感模型、电容模型和磁芯线圈模型；在HEMP辐照环境下基于所构建的模型，获得电路内部电磁关系的等值电路，考虑变压器的端电压，将等值电路简化成集总参数电路并构建变压器宽频模型；在直流电压下，将变压器等效为纯电阻元件进行分析，在工频稳态电压下，将变压器等效为电容进行分析，在三相传输电力线下，可归结为单相电路进行分析，最终得到各环境下的分析结果。本发明可以将HEMP辐照环境对变压器强电磁脉冲耦合特征的影响考虑到计算过程中，使计算结果更贴合实际。