本发明涉及热能回收技术领域，尤其涉及一种燃料电池热能回收控制方法、装置、系统及介质，包括获取出口温控系统中传感器所测量得到的测量温度值，对测量温度值进行修订得到预测的第一温度值，当第一温度值大于或等于冷却液出口温度阈值且用户需求为相变储能时，开启第一阀门；当第一温度值大于或等于冷却液出口温度阈值且用户需求为制冷时，开启第二阀门；当第一温度值大于或等于冷却液出口温度阈值且用户需求为水热时，开启第三阀门。该方法能够根据用户的需求开启相应的阀门，将流过燃料电池单元的冷却液引入对应支路，分别实现制冷、水热、相变储能的功能，提高热能的利用效率。