本发明公开了一种DoH隧道流量的检测方法、装置及存储介质，涉及网络安全领域。本发明通过获取DoH流量，依次进行时序特征提取，候选子序列获取，代表性子序列获取，核心子序列选择等步骤的处理，得到距离特征向量；然后将带标签的DoH流量的距离特征向量输入到DoH隧道流量检测模型中进行监督训练；利用训练好的DoH隧道流量检测模型来完成DoH隧道流量的检测。本发明不依赖流级别统计特征，利用TLS有效载荷长度序列对DoH隧道流量进行有效检测，具有更强的鲁棒性，提高了检测的准确率。