本发明涉及一种基于铜绿假单胞菌的杀菌化合物及其制备方法和应用，包括通过铜绿假单胞菌外源营养物质作为有效跨膜的药物载体，具体通过建立铜绿假单胞菌的全基因组代谢网络模型，筛选鉴定出多种外源营养物质，从中进一步筛选得到乙二醇。通过将乙二醇与杀菌剂氟甲喹或者厚朴酚分别拼接合成了化合物FE或化合物ME，有效改善了杀菌剂耐药屏障的问题，达到定向、精准用药和提高药物活性的目的，同时该方法成本低，效率高，周期短，具有广阔的应用前景和经济价值。