本发明涉及一种含氟聚合物及其制备方法和应用。本发明所述的一种含氟聚合物，通过将含氟丙烯酸酯单体、含脂肪链或者芳香环的甲基丙烯酸单体、含脂肪链或者脂肪环天然高分子单体、乙烯基硅氧烷单体、含双官能团交联剂、乳化剂、链转移剂、助溶剂和纯水投入到反应容器中搅拌均匀得到预乳化液；使用高压均质机对搅拌后的预乳化液进行处理得到均质液；在均质液中投入引发剂搅拌反应得到含氟聚合物。本发明所述的含氟聚合物使用短链全氟化碳单体进行反应，解决了降解产生PFOS和PFOA的问题；同时引入天然高分子聚合物和小分子交联剂，避免了甲醛释放问题，具有优异的拒水/拒油整理性能，在织物整理剂领域，有极广的应用前景。