本发明提供了一种采样通道自由配置的多回路电能质量采样计算方法及系统，包括同步采样触发步骤：控制所有AD模块对采样通道进行同步采样，并进行频率跟踪；AD模块用于将模拟信号转化为数字信号，并对电压电流通道进行采样；采样缓存步骤：缓存采样数据；回路配置步骤：对监测点的采样通道进行配置，根据采样通道映射关系生成回路映射表；电能质量指标计算步骤：根据回路映射表，得知回路的采样通道，读取相应采样通道缓存的采样数据；对读取的采样数据进行计算，得到电能质量指标数据。本发明的有益效果是:本发明能够提高多回路电能质量监测系统的灵活性、性价比、道通可扩展性、监测回路可扩展性，具有重要意义。