一种配电网多线路混合式统一潮流控制器的控制方法及系统，包括：计算安装有D‑MHUPFC的配电网在输电线路不对称短路故障下的理论短路电流值，所述不对称短路故障包括：单相接地短路故障、两相短路故障、两相接地短路故障；对比实际电流值与输电线路不对称短路故障下的理论短路电流值，判断输电线路是否发生不对称短路故障，若输电线路发生不对称短路故障，则定位输电线路的短路故障相；根据所定位的短路故障相控制D‑MHUPFC运行。本设计能提高电力系统稳定性，同时对潮流控制器进行有效的保护，避免设备损坏。