本发明公开了一种基于扰动数据的电力系统惯量估计方法、系统，方法包括：在电力系统节点突增合理的有功功率阶跃扰动；将突增有功功率扰动的节点作为扰动点；采集电力系统内距扰动点电气距离最小的发电机的最近节点有功功率及频率数据；对采集有功功率及频率数据进行预处理，获得预处理后的有功功率变化量和频率变化量；将预处理后的有功功率变化量和频率变化量分别作为辨识模型的输入和输出，以辨识模型参数；依据辨识的模型参数，将辨识模型转化为多阶表示；对多阶表示的辨识模型施加阶跃扰动，获得多阶表示的辨识模型阶跃响应的输出值表达式并求导以提取单发电机惯性常数；依据单发电机惯性常数，获得系统等值惯性常数。本发明能基于扰动数据评估电力系统实际惯量水平，进而为评估系统动态稳定性提供可靠依据。