本发明提供了一种α‑1,3‑岩藻糖基转移酶突变体及其应用，涉及基因工程技术领域。本发明通过突变获得了α‑1,3岩藻糖基转移酶突变体，并筛选获得了能够提高α‑1,3‑岩藻糖基转移酶酶活的有益突变，具体包括第126位、第150位、第158位、第160位和第224位突变。并且，本申请将α‑1,3岩藻糖基转移酶突变体转入工程菌中进行表达，进而获得了用于3‑岩藻糖基乳糖高效生产的新菌种，有效推进3‑岩藻糖基乳糖大规模工业化生产进程。另外，本申请提供的工程菌用于生产3‑岩藻糖基乳糖时发酵全程无需添加抗生素和诱导，具有放大生产潜力，且具有较高的商业应用价值和良好的产业化前景。