本发明公开了一种基于RTK的波浪信息监测方法及系统，包括：在预设的时间段内实时采集固定在水中的第一GNSS接收机的第一载波观测数据和预设在波浪浮标上的第二GNSS接收机的第二载波观测数据及传感器的垂直位移数据；根据所述第一载波观测数据对所述第二载波观测数据进行差分处理，获得所述波浪浮标在所述时间段内的三维定位坐标，并将其与所述垂直位移数据进行融合获得海面高程数据，并对所述海面高程数据进行低通滤波及带通滤波，获得海面垂直位移数据；通过预设的频谱分析方法将所述海面垂直位移数据转换为频谱数据，并根据所述频谱数据计算海面波浪的功谱率，并通过所述功谱率计算海面波浪的周期及波高，提高信息监测的效率及精准度。