本申请提出一种基于电压谐波图谱的拓扑动态识别方法及系统，该方法包括：获取与目标台区对应的配电变压器的低压侧各相电压，并对低压侧各相电压进行谐波分析，以得到与配电变压器各相分别对应的电压谐波图谱；获取在目标台区内的多个测量点的电压谐波含有率，并根据各个测量点的电压谐波含有率构建与各个测量点分别对应的电压谐波图谱；根据与各个测量点分别对应的电压谐波图谱以及与配电变压器各相分别对应的电压谐波图谱获取每个测量点分别与低压侧各相之间的距离；从每个测量点分别与低压侧各相之间的距离中筛选出目标距离，并根据目标距离判断与测量点对应的用户是否属于目标台区。本申请能够高效且准确地识别和校验台区存在的拓扑变化。