本申请提出一种配电台区的线路分支识别方法及系统，该方法包括：获取每条支路的线路末端和每个分支交汇点的电流信号，并根据电流信号生成与每条支路和每个分支交汇点一一对应的电流谐波图谱；从电流信号中筛选出最大电流数值对应的支路或分支交汇点作为基准点，并将基准点定义为初始层，除最大电流数值外的支路或分支交汇点均作为待测点；遍历所有的待测点，以获取基准点与任一待测点之间的欧式距离，以根据欧式距离筛选出初始层的分支；将初始层的分支作为新的基准点，遍历剩余的待测点，以得到每一新的基准点的分支，直至识别完所有的待测点。本申请能够适用于多级未知分支线路的识别，且具有准确率以及识别效率较高的优点。