本发明提供了一种异能能源互补性约束、能源系统优化调度方法和系统，包括：获取能源系统中各异质能源的初始调用量和综合权重；根据所述各异质能源的综合权重和所有异质能源的初始调用量之和，确定所述各异质能源的互补性调用量；基于各异质能源，判断所述异质能源的初始调用量与互补性调用量，对所述异质能源的初始调用量进行互补性约束，得到所述异质能源的修正调用量；并基于各异质能源的修正调用量，对能源系统进行优化调度；本发明通过互补性约束对异质能源的初始调用量进行辅助修正，有利于解决不同异质能源具有的随机性、间歇性、波动性等问题，进而实现能源系统内异质能源的优化调度，提高能源利用效率。