本发明公开了一种基于材料介导菌藻体系提高菌群的稳定性和可控性的方法，包括：分别将聚球藻和季也蒙毕赤酵母种子液与生物墨水混合，再通过液滴微流控的方法制备成分别包含聚球藻和季也蒙毕赤酵母的核壳颗粒凝胶；放入种子培养基中复苏24h后将核壳颗粒凝胶接种到发酵培养基中，实现微生物的稳定生存并发酵反应。本发明通过液滴微流控将聚球藻和季也蒙毕赤酵母限制在水凝胶的网状结构中进行生态位的构建，解决了在同一个生态位中菌藻体系细胞生长竞争的问题，提高了菌群的稳定性和可控性。