本发明涉及钻孔压水试验中消除承压水干扰的方法，包括如下步骤：在钻孔的内外布置涌水流量观测和钻孔压水试验器具；通过流量计观测钻孔孔口的涌水流量；绘制钻孔孔口的涌水流量Q与时间T的关系图；进行压水试验，同时通过流量计观测涌水流量；绘制压水过程中钻孔孔口的涌水流量Q与时间T的关系图；在Q～T图上获取压水前后涌水流量Q的增量ΔQ；将流量表的读数Q0与ΔQ的差值作为压水试验试段的压入流量。采用本发明，可以不考虑栓塞有效性，在厘清承压水涌水流量与时间规律的基础上，结合在压水过程中同步观测钻孔孔口涌水流量获得流量增量，通过计算确定试段压入流量以消除承压水对钻孔压水试验的干扰。