本发明公开了基于Budyko假设和SWAT模型的灰水足迹计算方法，具体包括如下操作步骤：获取基础数据，构建SWAT模型，进行校验，得到最优SWAT模型，利用Mann‑Kendall趋势检验对子流域年径流量进行趋势检验，并绘制趋势图，利用Pettit突变法确定趋势图中的年径流量突变年份，计算水文站所在子流域污染物自然本底浓度，基于水文站所在子流域污染物自然本底浓度，计算水文站所在子流域污染物的灰水足迹；本发明解决了现有技术中灰水足迹计算时不考虑污染物的自然本底浓度对水质负荷量化影响的问题。